Instituti i Historisë në kuadër të ushtrimit të veprimtarisë shkencore, që nga themelimi e deri më sot, ka organizuar shumë evenimente shkencore. Institut ka organizuar tryeza shkencore, konferenca, dhe simpoziume për ngjarje dhe personalitete të rendësishme të historisë kombëtare. Në këto organizime kanë marrur dhe marrin pjesë studiues jo vetëm shqiptarë por edhe të huaj. Instituti i Historisë në kuadër të veprimtarisë së vet shkencore ka vënë bazat e bashkëpunimit nderkombëtar me institucione simotra në rajon dhe më gjërë.

Pjesë shumë e rendësishme e veprimtarisë shkencore të Institutit të Historisë janë edhe projektet individuale të studiuesve.
Instituti i Historisë aktualisht është i fokusuar në dy makroprojekte: Historia e Kosovës dhe Gjenocidi serb ndaj shqiptarëve 1877-1999.