Arkivi i Institutit të Historisë në Prishtinë është i pasur me burime të konsiderueshme. Dokumentet iu takojnë periudhave të ndryshme historike. Shumica e dokumenteve i takojnë Historisë së Kohës së Re, kryesisht shekullit XIX dhe XX. Këto janë dokumente të vjelura nëpër arkiva të ndryshme ndërkombëtare si: arkivat osmane, arkivat britanike, arkivat austriake, arkivat gjermane, arkivat ruse, arkivat franceze, arkivat italiane. Nga arkivat e vendeve të rajonit si: arkivat kroate, arkivat serbe, arkivat malazeze, arkivat maqedonase. Gjithashtu arkivi i Institutit disponon me fonde nga arkivat e Kosovës dhe arkivat e Shqipërisë. Instituti i Historisë ka botuar disa vëllime me përmbledhje të dokumenteve angleze, ruse dhe franceze.
Fondi arkivor i Institutit është krijuar dhe vazhdimisht plotësohet nga studiuesit të cilët pas hulumtimeve i dorëzojnë dokumentet në Arkiv.