Sekretariati i Arsimit dhe i kulturës i Këshillit Ekzekutiv të Kosovës më 25 shkurt 1967 mori vendimin e themelimit të Entit të Historisë të Prishtinës dhe ia dërgoi Kuvendit të Krahinës Autonome të Kosovës për miratim.Fillet e punës kërkimore-shkencore të studimit të historisë së Kosovës i gjejmë në janar të vitit 1946 kur u formua Seksioni për gjuhë, folklor dhe histori.
Më 1956 u formua Komisioni për Histori, që punoi deri më 31 dhjetor 1966. Komisioni punën e tij e kishte orientuar në studimin e Lëvizjes Punëtore dhe të Luftës Nacionalçlirimtare (1941-1945).Më 1967 u themelua Enti i Historisë si institucion shkencor dhe profesional me këto seksione: Seksionin e Lëvizjes Punëtore, të LNÇ-së dhe të Ndërtimit Socialist; Seksionin e Historisë së Mëhershme të Kosovës dhe Seksionin e Arkivit dhe të Dokumentacionit.
Themelues i Entit të Historisë ishte Kuvendi i Kosovës, që përcaktohej edhe me nenin 3 të Vendimit nr. 575 të datës 20 prill 1967.

Kuvendi i Kosovës më 18 prill 1978 miratoi Ligjin mbi punën shkencore-kërkimore. Në bazë të këtij ligji Enti i Historisë ngritej në Institut. Kuvendi i Kosovës, në mbledhjen e mbajtur më 26 mars 1980 (KK Nr.612-1/80), miratoi Ligjin mbi Institutin e Historisë të Kosovës (Gazeta Zyrtare e KSAK, nr.12 të 28 marsit 1980, 403-404).Pas ndryshimeve që u bënë në Kosovë me shpalljen e Republikës së Kosovës dhe pas zgjedhjeve parlamentare dhe presidenciale më 1992 edhe punëtorët e Institutit të Historisë së Kosovës me vendimin e Bashkësisë Punuese, të miratuar më 1992, Institutit të Historisë ia ndërruan emrin dhe ai e vazhdoi punën si Institut i Historisë i Republikës së Kosovës.Instituti që nga viti 1972 botoi organin e vet, revistën shkencore vjetore “KOSOVA-KOSOVO” në dy gjuhë, e cila që nga viti 1995 botohet  vetëm në shqip me emrin “KOSOVA”. Instituti kishte edhe edicionin “NË FLAKËN E REVOLUCIONIT’,- në gjuhën shqipe dhe “U VATRI REVOLUCIJE”,- në gjuhën serbe. Brenda këtyre viteve Instituti nxori një numër botimesh të veçanta të punëtorëve shkencorë dhe të bashkëpunëtorëve të jashtëm. Këto botime janë rezultat i projekteve të hartuara në Institut. Kryesisht janë studime monogrfike, por edhe botime të përbashkëta nga historia e Kosovës dhe nga historia shqiptare e periudhave të ndryshme, ndërsa shumica nga shek. XIX e XX.Për ndriçimin e problemeve të ndryshme në rrafshin shkencor brenda 30 vjetëve të veprimtarisë së Institutit të Historisë u  mbajtën shumë tubime shkencore, si tryeza, sesione, simpoziume e konferenca shkencore. Rezultatet e tubimeve shkencore janë botuar në organin e Institutit, në revistën “Kosova”, por edhe si botime të veçanta.Veprimtaria kërkimore-shkencore e Institutit që nga themelimi e deri në ditët e sotme, krahas bashkëpunimit me institucionet vendore, ishte orientuar edhe në bashkëpunimin me institucione shkencore ndërkombëtare. Përveç kësaj, Instituti për kryerjen e projekteve angazhoi edhe punëtorë shkencorë si bashkëpunëtorë të jashtëm. Njëherësh dërgoi punëtorët e tij për  studime e hulumtime shkencore nëpër Shqipëri, Jugosllavi, Turqi, BRSS, Itali, Francë, Gjermani, Austri, SHBA etj.Pas demonstratave të vitit 1981 Instituti i Historisë i Kosovës, nga organet politiko-shtetërore, shtypi dhe mjetet e tjera të informacionit qe shpallur vatër e nacionalizmit dhe e irredentizmit shqiptar. Punëtorët shkencorë të Institutit akuzoheshin se me punën dhe me shkrimet e tyre indoktrinonin rininë shqiptare. Ne veçanti u sulmua drejtori i Institutit, Prof. Dr. Ali Hadri. Organet e pushtetit e larguan Prof. Dr. Ali Hadrin nga pozita e drejtorit dhe nga puna. Më pas më 1981, drejtor u zgjodh  Dr. Tahir Abdyli, i cili këtë detyrë e kreu deri në korrik të vitit 1990.Organet e LK të Kosovës dhe të Serbisë, nga Organizata Bazë e LK-së të Institutit kërkuan që të analizoheshin projektet kërkimore-shkencore dhe të hiqej çdo gjë që linte mundësi të zhvilloheshin ndjenjat e  nacionalizmit e irredentizmit shqiptar. Si kusht për vazhdimin e punës shtruan miratimin e projekteve me bazë klasore dhe në frymën e internacionalizmit proletar.Kuvendi i Serbisë merr vendim për vendosjen e masave të dhunshme në Institutin e Historisë të Kosovës. Me vendosjen e këtyre masave u shkarkua drejtori legjitim i Institutit Dr. Seit Lipa dhe u emërua drejtoria e dhunshme në krye me serbin Sreten Martinoviq.
Kuvendi i Serbisë më 30 korrik 1992 miratoi vendimin për ndërprerjen e punës së Institutit të Historisë të Kosovës. Me këtë edhe punëtorët e tjerë shqiptarë të Institutit u larguan nga puna, ndërsa punëtorëve serbo-malazez iu sigurua puna nëpër institucione të tjera.
Në  këtë kohë u uzurpua biblioteka e pasur e Institutit, që në fondin e vet kishte rreth 20.000 libra, si dhe dokumentacioni i pasur i vjelë në arkiva të ndyshëm të Jugosllavisë dhe vendeve të tjera të botës.Pas vendosjes së masave të dhunshme punëtorët shqiptarë të Institutit u organizuan dhe vazhduan punën. Me angazhimin e Drejtorisë së Institutit, institucionet shtetërore të Republikës së Kosovës siguruan mjete financiare për veprimtari të Institutit të Historisë.
Në vitin 1995 drejtor u zgjodh Dr. Fehmi Rexhepi. Instituti u vendos në një shtëpi private. Filluan punën organet profesionale shkencore. U aktivizua puna e redaksive të revistave shkencore dhe u formuan ekipet shkencore për hartimin e projekteve kërkimore-shkencore. Instituti mori vendim që të vazhdohej puna për botimin e revistës shkencore “Kosova” dhe për botime të veçanta (të përbashkëta dhe individuale). Instituti organizoi dhe mbajti disa tubime shkencore, por edhe tubime shkencore bashkë me Akademinë e Shkencave dhe të Arteve të Kosovës, me Institutin Albanologjik, me Fakultetin Filozofik – Dega e Historisë dhe me Institutin e Historisë të Tiranës.Instituti i Historisë, bashkë me Institutin e Historisë të Tiranës miratuan vendimin për nxjerrjen e një revisë të re të përbashkët, edhe atë në Tiranë si revistë historiko – politiko “KOSOVA” në gjuhën angleze, dhe në Kosovë me emrin “KOSOVA” në gjuhën shqipe. Deri më 1999 dolën nga shtypi 8 numra të kësaj reviste.Instituti i Historisë në vitet 1995 dhe 1996 e vazhdoi punën në projekte. Një nga projektet e miratuara më 1995 ishte Dëbimi i shqiptarëve dhe kolonizimi i Kosovës 1877-1995. Ky projekt u krye dhe u botua më 1997. Më 1996 Instituti hartoi Kalendarin historik të ngjarjeve dhe të personaliteteve të njohura.
Pas çlirimit të Kosovës më 1999 Instituti vazhdoi punën për realizimin e projekteve kërkimore shkencore. Në këtë periudhë vazhdoi bashkëpunimi me institucionet kërkimore shkencore të Kosovës dhe të Shqipërisë si në realizimin e projekteve ashtu edhe në organizimin e sesioneve, tryezave, konferencave dhe simpoziumeve shkencore. Gjatë kësaj periudhe Instituti ka publikuar një numër të konsiderueshëm të botimeve monografike të përbashkëta dhe autoriale.
Gjatë viteve 2000-2012, drejtor i Institutit ka qene Prof.dr.Jusuf Bajraktari.Aktualisht, drejtor i Institutit është Prof.asoc. dr. Sabit Syla.
Instituti aktualisht pos projekteve individuale dhe të disa projekteve të përbashkëta është duke punuar në makroprojektin-Historia e Kosovës.